미션 축구: 돌연변이를 무찔러라!는 어느 날 등장한 축구 돌연변이들로 인해 축구계를 위협하는 사건을 다룬다. 평범한 학생들이지만 축구에 대한 열정을 가진 주인공들은 팀을 결성하고, 돌연변이에 맞서기 위해 특별한 능력을 개발한다. 그들은 각자의 개성을 살리며 훈련하고, 강력한 적과의 경기를 통해 성장해 나간다. 마지막 대결에서 그들은 팀워크와 우정을 바탕으로 돌연변이 선수들을 물리치고, 진정한 축구의 가치를 되찾기 위해 힘을 합친다.