한 젊은 전사 아시타카는 저주받은 마을을 떠나 부조화와 괴로움이 가득한 세계로 나선다. 그의 여정은 요괴와 인간, 자연과 문명 간의 갈등을 파헤치고, 평화와 공존의 길을 모색하는 과정으로 이어진다. 이 과정에서 그는 두 강력한 세력, 숲의 수호자 모노노케 히메와 인간의 산업 세력 간의 전쟁에 휘말리며, 자신의 정체성과 함께 인류의 미래를 고민하게 된다. 아시타카는 감정이 얽혀 있는 인물들과의 관계를 통해 진정한 이해와 화해의 중요성을 깨닫고, 생명과 자연의 소중함을 다시금 일깨운다.