러시아의 생물공학자인 네코비치 박사(Dr. Nekhorvich: 레이드 세르베드비자 분)는 어느 날 IMF(Impossible Mission Force)의 요원인 이단 헌트(Ethan Hunt: 톰 크루즈 분)에게 구원을 요청한다. 그는 그리스 신화를 인용한 '키메라'라는 바이러스를 만들어 냈고, 또한 이를 억제할 벨레로폰도 만들어 냈음을 밝힌다. 그러나 시드니에서 질병센터가 소재한 아틀란타로 가는 비행기에 탑승한 것은 헌트로 변장한