위시마스터 2에서는 고대의 악령이 다시 깨어나면서 주인공이 원치 않는 소원을 이루게 되는 이야기가 펼쳐진다. 주인공은 자신의 소원이 현실로 이루어지는 상황 속에서 복잡한 갈등과 선택의 기로에 놓이게 되며, 결국 자신의 운명을 바꾸기 위한 결단을 내리게 된다. 악령의 힘을 막기 위해 친구들과 함께 모험을 떠나고, 과거의 아픈 기억과 마주하며 성장하는 과정을 그린다.