검은 수녀들은 깊은 신비로 가득한 수도원에서 벌어지는 불가사의한 사건들을 다룬다. 한 젊은 여성이 절망과 상처를 안고 수도원에 들어가면서 시작되는 이야기는, 그녀가 과거의 트라우마와 마주하고 수도원 내의 수녀들과의 갈등을 겪으며 진정한 자신을 찾아가는 과정을 그린다. 그러나 수도원에서 점차 드러나는 어두운 비밀들로 인해 그녀는 생존과 진실을 놓고 치열한 싸움을 벌이게 된다. 결국 이야기는 믿음, 배신, 희망이 얽힌 복잡한 인간 관계와 함께 전개되어, 관객들에게 깊은 여운을 남긴다.