코난과 친구들은 화려한 시계탑이 있는 도시에서 열린 시계 전시회에 초대된다. 그러나 전시회 중 갑작스럽게 발생한 연쇄 폭탄 테러로 인해 상황이 악화되고, 코난은 테러의 배후를 조사하기 시작한다. 같은 시각, 그는 수수께끼 같은 시계 장치의 비밀을 풀고 이를 통해 인질로 잡힌 사람들을 구해야 한다. 코난은 우연히 만난 소녀와 함께 그들의 범인을 추적하며, 숨겨진 과거와 맞닥뜨리게 된다. 긴박한 추격전과 두뇌 싸움이 펼쳐지며, 결국 코난은 진실에 접근하지만 새로운 위험이 그를 기다리고 있다.