가상 현실 MMORPG 세계에서 플레이어들이 사망하면 현실에서도 죽는 위험을 안고 있는 '소드 아트 온라인'에서, 키리토는 새로운 던전인 '짙은 어둠의 스케르초'에 도전하게 된다. 이곳에서 그는 잃어버린 동료를 찾아야 하며, 어둠의 세력과 맞서 싸우는 과정에서 새로운 친구들과 힘을 합쳐 극복해야 할 수수께끼와 적들을 마주하게 된다. 각자의 숨겨진 비밀과 고통을 안고 있는 캐릭터들과의 교류를 통해 자신의 정체성과 진정한 용기의 의미를 깨닫게 되는 키리토의 여정을 그린다.