스타트렉: 섹션 31에서는 은밀한 정보 기관인 섹션 31의 멤버들이 우주의 평화와 안보를 지키기 위해 정치적 음모와 외계 위협에 맞서 싸우는 이야기를 중심으로, 그들의 도덕성에 관한 갈등과 개인적인 희생이 그려진다. 이들은 사상 초유의 위기 속에서 진실을 추구하며, 동맹과 적의 경계를 넘나드는 긴장감 넘치는 미션을 수행한다. 각 캐릭터의 비극적 배경과 원대한 목표가 얽히며, 우주 탐험의 본질과 인간의 본성에 대한 깊은 질문을 던진다.